המנהלת הוקמה כמענה להחלטת הממשלה מספר 1231 לפינוי ופיתוח מפרץ חיפה. המנהלת אחראית על גיבוש וביצוע תכנית העבודה למימוש ההחלטה, ביצוע מעקב ובקרה אחר הגופים המבצעים, פתרון חסמים, בדיקת עמידה ביעדים ובלוחות הזמנים, וקידום שיתוף ציבור והעלאת המודעות לחשיבות הפרויקט ומטרותיו.
